Pulau-pulau cikal bakal dari kepulauan Indonesia mulai terbentuk sekitar 50 juta tahun lalu (Mya).Pada Periode Quaternary (sekitar 2 juta tahun yang lalu- sekarang) itulah proses utama pembentukan kepulauan Indonesia. sekitar 1 juta tahun yang lalu, pada saat Pulau Sumatra, Pulau Jawa, Pulau Bali, Pulau Borneo masih menyatu dengan Semanjung Asia, disebut dengan “Paparan Sunda”.
Paparan sunda ini terpisah oleh naiknya permukaan air laut, mulai dari 20,000 tahun yang lalu sampai sekarang, dengan permukaan air laut yang naik/turun karena dipengaruhi oleh suhu Bumi dan Glacier, beberapa kali pulalah Paparan sunda ini terpisah menjadi beberapa pulau, kemudian menyatu kembali, dan terpisah kembali secara berulang-ulang, sampai kita lihat pada saat sekarang ini.
Dengan demikian asal usul dari pulau-pulau yang terdapat di Indonesia berbeda-beda. Pulau Papua yang berasal dari craton Australia dahulunya, dan telah terbentuk beberapa juta tahun lalu, sebelum terbentuknya pulau lain di Indonesia.
Pulau Sumatra, Jawa dan Borneo yang merupakan bagian dari craton China Utara, yang kemudian akibat pergerakan kulit bumi membentuk daratan Asia, dan pada Periode Tertiary, pulau Sumatra, Jawa dan Borneo terpisah.
Berdasarkan rekonstruksi ini, kita bisa melihat dari mana asal Fauna dan Flora yang terdapat di Indonesia. sehingga Fauna yang terdapat pad pulau Sumatra, Jawa dan Borneo memiliki karakter yang sama dengan yang terdapat di benua Asia, begitu juga denga pulau Papua yang berasal dari craton Australia.
Sedangkan pulau unik Sulawesi yang terbentuk dari gabungan beberapa daratan Asia, Australia dan beberapa pulau dari Samudara Pasifik, menyebabkan pulau ini memiliki fauna yang unik dan khas.
Menurut para ahli bumi, posisi pulau-pulau di Kepulauan Indonesia terletak di atas tungku api yang bersumber dari magma dalam perut bumi. Inti perut bumi tersebut berupa lava cair bersuhu sangat tinggi. Makin ke dalam tekanan dan suhunya semakin tinggi.
Pada suhu yang tinggi itu material-material akan meleleh sehingga material di bagian dalam bumi selalu berbentuk cairan panas. Suhu tinggi ini terus menerus bergejolak mempertahankan cairan sejak jutaan tahun lalu. Ketika ada celah lubang keluar, cairan tersebut keluar berbentuk lava cair.
Ketika lava mencapai permukaan bumi, suhu menjadi lebih dingin dari ribuan derajat menjadi hanya bersuhu normal sekitar 30 derajat. Pada suhu ini cairan lava akan membeku membentuk batuan beku atau kerak. Keberadaan kerak benua (daratan) dan kerak samudera selalu bergerak secara dinamis akibat tekanan magma dari perut bumi. Pergerakan unsur-unsur geodinamika ini dikenal sebagai kegiatan tektonis.
Sebagian wilayah di Kepulauan Indonesia merupakan titik temu di antara tiga lempeng, yaitu lempeng Indo-Australia di selatan, Lempeng Eurasia di utara dan Lempeng Pasifik di timur. Pergerakan lempeng-lempeng tersebut dapat berupa subduksi (pergerakan lempeng ke atas), obduksi (pergerakan lempeng ke bawah) dan kolisi (tumbukan lempeng).
Pergerakan lain dapat berupa pemisahan atau divergensi (tabrakan) lempeng-lempeng. Pergerakan mendatar berupa pergeseran lempeng-lempeng tersebut masih terus berlangsung hingga sekarang. Perbenturan lempeng-lempeng tersebut menimbulkan dampak yang berbeda-beda. Namun semuanya telah menyebabkan wilayah Kepulauan Indonesia secara tektonis merupakan wilayah yang sangat aktif dan labil hingga rawan gempa sepanjang waktu.
Pada masa Paleozoikum (masa kehidupan tertua) keadaan geografis Kepulauan Indonesia belum terbentuk seperti sekarang ini. Di kala itu wilayah ini masih merupakan bagian dari samudera yang sangat luas, meliputi hampir seluruh bumi. Pada fase berikutnya, yaitu pada akhir masa Mesozoikum, sekitar 65 juta tahun lalu, kegiatan tektonis itu menjadi sangat aktif menggerakkan lempenglempeng
Indo-Australia, Eurasia dan Pasifik.
Kegiatan ini dikenal sebagai fase tektonis (orogenesa laramy), sehingga menyebabkan daratan terpecah-pecah. Benua Eurasia menjadi pulau-pulau yang terpisah satu dengan lainnya. Sebagian di antaranya bergerak ke selatan membentuk pulau-pulau Sumatra, Jawa, Kalimantan, Sulawesi serta pulau-pulau di Nusa Tenggara Barat dan Kepulauan Banda.
Hal yang sama juga terjadi pada Benua Australia. Sebagian pecahannya bergerak ke utara membentuk pulau-pulau Timor, Kepulauan Nusa Tenggara Timur dan sebagian Maluku Tenggara. Pergerakan pulau-pulau hasil pemisahan dari kedua benua tersebut telah mengakibatkan wilayah pertemuan keduanya sangat labil. Kegiatan tektonis yang sangat aktif dan kuat menyebabkan terbentuknya Kepulauan Indonesia pada masa Tersier sekitar 65 juta tahun lalu.
Sebagian besar daratan Sumatra, Kalimantan dan Jawa telah tenggelam menjadi laut dangkal sebagai akibat terjadinya proses kenaikan permukaan laut atau transgresi. Sulawesi pada masa itu sudah mulai terbentuk, sementara Papua sudah mulai bergeser ke utara, meski masih didominasi oleh cekungan sedimentasi laut dangkal berupa paparan dengan terbentuknya endapan batu gamping.
Pada kala Pliosen sekitar lima juta tahun lalu, terjadi pergerakan tektonis yang sangat kuat, yang mengakibatkan terjadinya proses pengangkatan permukaan bumi dan kegiatan vulkanis. Ini pada gilirannya menimbulkan tumbuhnya (atau mungkin lebih tepat terbentuk) rangkaian perbukitan struktural seperti perbukitan besar (gunung), dan perbukitan lipatan serta rangkaian gunung api aktif sepanjang gugusan perbukitan itu.
Kegiatan tektonis dan vulkanis terus aktif hingga awal masa Pleistosen, yang dikenal sebagai kegiatan tektonis Plio-Pleistosen. Kegiatan tektonis ini berlangsung di seluruh Kepulauan Indonesia.
Gunung api aktif dan rangkaian perbukitan struktural tersebar di sepanjang bagian barat Pulau Sumatra, berlanjut ke sepanjang Pulau Jawa ke arah timur hingga Kepulauan Nusa Tenggara serta Kepulauan Banda. Kemudian terus membentang sepanjang Sulawesi Selatan dan Utara.
Pembentukan daratan yang semakin luas itu merupakan proses terbentuknya Kepulauan Indonesia pada kedudukan pulau-pulau seperti sekarang ini. Hal itu telah berlangsung sejak kala Pliosen hingga awal Pleistosen (1,8 juta tahun lalu). Jadi pulau-pulau di kawasan Kepulauan Indonesia ini masih terus bergerak secara dinamis, sehingga tidak heran jika masih sering terjadi gempa, baik vulkanis maupun tektonis.
