Terdapat hubungan yang sangat erat antara Flying Spaghetti Monster dan Agama Pastafarian. FSM sendiri adalah tokoh fiktif yang dijadikan Tuhan oleh orang-orang non-believer (Ateis) jika ditanya tentang bagaimana sosok dari tuhan.
Pastafarian
Dari sekian banyak pandangan tentang Ateisme, Pastafarian adalah kepercayaan paling nyeleneh. Kepercayaan ini diusung oleh Bobby Henderson yang tidak lain dianggap sebagai Nabi dari Kepercayaan Pastafarian.
Ide ini berasal dari seorang Bobby Henderson (lulusan sarjana fisika dari Universitas Oregon State, US), setelah ia mendengar, negara bagian Kansas di Amerika Serikat dengan cerobohnya mengeluarkan keputusan untuk mengganti kurikulum mengenai teori evolusi dan menawarkan intelligent design sebagai alternatif dalam mata pelajaran sains. Seperti yang kita ketahui, intelligent design memiliki prinsip bahwa tubuh manusia dan alam semesta yang kompleks pasti memiliki pencipta di baliknya dan pada awalnya ini terlihat seperti argumen teisme umum, di dalamnya sarat dengan jumping argumen yang berakhir dengan pengajaran teologi Kristen.
Sebagai orang yang peduli pendidikan, Bobby Henderson mengirim surat ke dewan pendidikan Kansas memprotes keputusan tersebut. Suratnya panjang, penuh argumen dan sangat cerdas. Salah satunya menunjukkan bahwa walaupun di sini kita bisa berandai intelligent design itu benar, ‘sosok pencipta’ dalam konteks itu bisa apa aja termasuk Flying Spaghetti Monster.
Henderson juga menyindir klaim yang dikeluarkan gereja bahwa jumlah bencana alam yang meningkat disebabkan oleh meningkatnya jumlah ateis. Henderson membalas dengan mengatakan, bahwa pemanasan global terjadi karena menurunnya populasi bajak laut. Sebagai buktinya disertakan statistik bahwa Somalia yang memiliki populasi bajak laut paling banyak, justru memiliki kadar emisi gas rumah kaca paling sedikit. Intinya, beliau ingin membuktikan lewat sarkasme bahwa korelasi tidak berimplikasi pada kausalitas.
Surat itu tidak mendapat tanggapan sehingga Henderson memutuskan untuk menaruhnya di web. Di luar dugaan, isi surat itu mendapat banyak hit pembaca dan menjadi sangat populer. Orang-orang menggunakan argumen di dalam surat itu untuk meledek diajarkannya ID (intelligent design) di sekolah. Sejak saat itu FSM menjadi parodi untuk Tuhan, dan bajak laut menjadi ikon FSM.
Karena ide tersebut lucu dan bisa juga untuk mengolok-ngolok agama, FSM ini mulai dikembangkan menjadi simbol parodi agama. Tentu saja penganutnya adalah orang-orang yang mengetahui sejarah FSM dan sebetulnya ateis. Banyak organisasi keagamaan memaksa pemerintah meloloskan undang-undang irasional, murni karena alasan “kebebasan beragama”. Jika FSM berhasil dikukuhkan sebagai agama resmi yang diakui sebuah negara, mereka pun bisa memaksakan hal-hal konyol seperti boleh menggunakan atribut bajak laut sebagai bagian dari “kebebasan beragama.”
Ini adalah untuk mengajarkan bahwa segala keputusan pemerintah seharusnya memisahkan agama dan negara (sekuler), karena pada akhirnya segala keputusan pemerintah harus bersifat rasional, sebab tidak bisa ada penganut agama yang mengaku bahwa agamanya paling benar, lantas memaksa bahwa keputusan pemerintah hanya menguntungkan penganut agama tersebut. Bayangkan saja bagaimana jadinya jika pemerintah Indonesia dikuasai aliran Ahmadiyah atau Lia Eden.
Hingga saat ini, Austria sudah menjadikan Pastafarian sebagai Agama resmi di negara mereka. Para Pastafarian di Austria percaya bahwa alam semesta tercipta setelah pencipta mereka yang tak terlihat itu kebanyakan minum. Mereka juga menganggap bajak laut adalah makhluk suci yang namanya dicemarkan oleh Gereja Katolik pada era 1800-an.
Sebagaimana agama lain, maka pastafarian juga memiliki beberapa aliran, ada yg mengakui bahwa tuhan mereka yang sebenarnya adalah makaroni, bukan spaghetti, untuk Austria sendiri sekte pastafarian menganggap fusilli sebagai bentuk sesungguhnya dari tuhan, bahkan memiliki konsep trinitas, Pasta-Meatballs-Holy Sauce. Masalah hari raya juga berbeda-beda, di Austria hari besar khusus jatuh setiap 19 September bernama “Talk Like A Pirate Day”. Pada hari ini, seluruh Pastafarian berpakaian dan berbicara layaknya bajak laut.